La agitación política de los criollos ocasiono una reacción por parte de los indios quienes vieron correr peligro sus espacios. Los cabildos indios, pues, se tuvieron que aliar con los representantes de la Corona española. Lo cual los aproximó a las autoridades virreinales, aún cuando el pueblo indio se encontraba desgastado a causa de las recaudaciones borbónicas.
Continuaron las aportaciones de los indios a la Corona por medio de las cajas de comunidad en 1809, las cuales cubrieron las primeras obras públicas (como por ejemplo, la primera red para el servicio de agua en Zacapoaxtla), y por otro lado, también fiestas, gobierno, salarios. Ya para 1812, aún con levantamientos armados en la sierra norte de Puebla continuó puntualmente la recaudación.
Así fue hasta la finalización del virreinato. Las contribuciones se extendieron al final de la revolución de independencia, de ahí se explica el sostenimiento de las fuerzas realistas, y por lo tanto se entiende una aproximación de las autoridades virreinales con las indias. Hubieron disposiciones para aminorar la presión india: se permitió que algunos pueblos se separaran de sus cabeceras.
Los pueblos indios desplegaron diferentes estrategias para enfrentar su realidad cambiante. Ante la presión fiscal, distanciamiento con las autoridades virreinales. En ese entonces de igual manera surge una especie de corrupción, en el sentido de que algunas autoridades indias se hicieron de tierras sofocando al pueblo con pagos excesivos.
En ese ambiente era cuando las élites indias rechazaron la alianza política con las autoridades españolas, después de que los cabildos criollos intentaron crear una autoridad independiente por medio de una junta de colonos, con pretensiones de alterar el equilibrio político que se había generado hasta 1808, lo cual hacía permanecer un poder establecido.
Fue fundamental la alianza entre autoridades españolas, los representantes del rey y los cabildos indios para que se desatara el conflicto con los rebeldes en el hoy Estado de Puebla. Entonces la geopolítica de los pueblos indios de la sierra norte poblana inició una distribución, elemento decisivo en diferentes momentos de la insurgencia, ya sea a favor de los realistas o de los rebeldes.
